Bernard Meunier est Directeur de recherche émérite au CNRS (classe exceptionnelle) au Laboratoire de Chimie de Coordination du CNRS à Toulouse et "Distinguished Professor" au Département de Chimie de l'Université de Technologie de Guangdong à Canton (Chine) depuis 2012.
Après une thèse de troisième cycle avec Robert Corriu à l'Université de Montpellier (en 1971), il obtient un doctorat d'État de l'Université de Paris-Orsay (1977) préparé avec Hugh Felkin à l'Institut de chimie des substances naturelles du CNRS à Gif-sur-Yvette. Après un stage post-doctoral à l'Université d'Oxford (1977-1978), il rejoint en 1979 le Laboratoire de chimie de coordination du CNRS à Toulouse en se consacrant à la chimie biomimétique d'oxydation (cytochromes P450, peroxydases et catalase). Il a développé de nombreux travaux en chimie thérapeutique (antitumoraux et antipaludiques avec la création de la société Palumed en 2000). Actuellement, il met au point de nouveaux chélateurs spécifiques pour réguler l'homéostasie du cuivre dans la maladie d'Alzheimer.
L'ensemble des travaux de B. Meunier a donné lieu à plus de 410 publications et 32 brevets.
Bernard Meunier a enseigné à l'École Polytechnique à Palaiseau de 1993 à 2006. Il a été également professeur invité au Collège de France (2014-2015). Il a été Président du CNRS de 2004 à 2006.
Élu à l'Académie des sciences en 1999, il en a été le Président (2015-2016). Il est membre de l'Académie Nationale de Pharmacie depuis 2013.